研究院注重在真实科研场景中培养学生。学生参与深海科考航次、国际夏校、社会实践与科普展览等各类活动，在一线工作中成长。
研究院现有在站博士后 6 人，在读博士研究生 22 人、硕士研究生 21 人。
丰富的海上科考实训为团队培养了一代又一代年轻的海上科学家，近年来越来越多的博士后、博士及本科生加入海上科考的行列。
在 2025 年东南印度洋深渊碳循环科学考察航次中，唐晴雪、姜爱钧、王捷甘三位研究生随团队参航。本航次共有来自 7 家参航单位的 12 位科学家搭乘“奋斗者”号下潜，交大师生 7 人全部顺利完成下潜任务，其中包括 2 位 00 后学生。
在 2024 年南海冷泉区考察航次中，王景、姜爱钧等师生搭乘“探索二号”参加考察，团队成员各搭乘“深海勇士”号载人潜水器下潜至 1300–1800 米水深的南海冷泉海底开展考察与取样。
2025 年 7 月 1 日至 20 日，2025 深部生命过程与特殊资源挖掘国际夏校在三亚崖州湾研究基地举办，吸引来自印度、德国、中国的 13 所国内外高校和科研院所的 30 余位青年学者和研究生参与。夏校邀请六位国际导师带来 26 场讲座，涵盖微生物代谢机制、深部生命演化与适应策略、生物地球化学元素循环、深海天然产物发掘、国际大洋发现计划（IODP）与国际大陆钻探计划（ICDP）项目等核心议题，并设计了遗传实验、地球化学分析及微生物培养等实践操作环节。研究院青年学生作为学员兼志愿者参与了本次夏校活动。
2025 年 7 月 1 日至 15 日，“深蓝星火”实践团赴海南省三亚市崖州区开展暑期社会实践。实践团由肖湘担任指导专家，赵维殳任指导教师，张曼萍担任带队老师，共有来自 5 个学院的 15 名同学参与。两周内，实践团走访了 4 所科研院、6 家企业和 1 个村庄，与参加暑期夏校的 6 位国际专家面对面交流，系统调研崖州湾科创成果赋能区域发展的实践路径，与各方专家探讨科技在产学研之间的流转路径及协作机制。
通过此次实践考察，同学们对科研成果如何造福社会、服务民生有了更真切的感受。本次实践团获上海交通大学重点项目立项，并获 2025 年度上海交通大学学生社会实践三等奖。
2025 年 12 月 1 日至 15 日，《溟渊之下：-10909 的生命之光》深海生命科研成果主题展在上海交通大学文博楼举行，由生命科学技术学院、深部生命与资源研究院、档案文博管理中心共同筹划承办。展览集中展示“溟渊计划”的新研究成果，通过实物样品、现场实拍影像视听资料、生物 3D 打印模型等，普及深海和深渊科学知识。研究院青年学生参与备展并担任讲解工作。展览在两周时间内共接待来自校内外各团体参观 350 人次。
